Действие игры происходит сразу же после окончания первой игры, за год до событий Kingdom Hearts II. В этой игре Сора продолжает искать Короля и Рику, поиски приводят его в загадочный замок. Тем временем Рику также оказывается в этом замке и начинает бороться с внутренней тьмой.
