За Гейбом и Лиан теперь ведётся охота после того, как они раскрыли причастность Агентства к вирусу Syphon Filter.
Оперативник Агентства Диллон Морган берёт в плен Лиан, заставляя тем самым Гейба и команду биохимической защиты, встретиться с бывшей сотрудницей Агентства — Терезой Липан. Но встреча не состоялась, так как истребители Агентства сбивают их транспортный самолёт над горами в Колорадо, и Гейб с лейтенантом команды биохимической защиты Джейсоном Ченсом направляются вниз по горам в поисках сбитого самолёта и, находившихся в нём, дисков с данными. Майкл Арчер пытается остановить их любой ценой.
