Игра начинается с финала предыдущего эпизода, когда Сэм отправился на Сириус на космическом корабле.
Корабль Сэма получил повреждения от «автобуса с ящиками Croteam», и упал на Землю. Сэм приземлился в Центральной Америке, в век цивилизации Майя. Однако, не все потеряно: сириане оставили на Земле запасной корабль. Так как корабль находится в будущем, Сэму нужно найти Сирианские Временные Порталы, которые помогут ему достигнуть цели.
