Как и в предыдущих играх серии главный герой — водопроводчик Марио. Злодей — король Купа — похищает принцессу Тоадстул и заточает динозавра Йоши в яйцо. Марио освобождает Йоши и верхом на нём отправляется к замку короля Купы спасать принцессу. Врагами на пути являются черепахи, броненосцы и другие животные.
