Таинственная группировка под названием «Птолемеевская армия», специализирующаяся на археологических раскопках и шпионаже, крадёт специальный диск, содержащий все секреты проекта Metal Slug. Марко и Тарма преследуют воров, к ним присоединяются Эри и Фио.
