Сюжет повествует о войне людей и альянса инопланетных рас под названием Ковенант, начавшим вторжение на Землю в XXVI веке. Под управлением игрока окажется генетически модифицированный солдат Мастер Чиф, созданный в рамках проекта SPARTAN II.
В начале игры Мастер Чиф находится на Земле, где лояльные Ковенанты — бруты, ворчуны и шакалы — под предводительством Пророка Истины разрушают большую часть поверхности планеты. Корабли Ковенантов висят над огромными раскопками неподалёку от руин Нью-Момбасы, где был обнаружен огромный артефакт.
Мастер Чиф вместе со старшим сержантом Джонсоном и Ковенантским Еретиком Арбитром продвигаются через джунгли к заставе Космического Командования Объединённых Наций.
