Действие игры происходит в мире, похожем на Землю. Соник и его друзья вступают в борьбу с монстром Хаосом, отпущенным из Мастера Изумруда доктором Эггманом. Сам учёный хочет подчинить себе Хаоса и использовать его разрушительную силу, чтобы собрать Изумруды Хаоса и захватить город. Для помощи существу создаётся группа роботов серии «E», питающихся от энергии помещённых внутрь животных.
