По хронологии, Killzone 2 следует за Killzone: Liberation.
Спустя два года после того, как хелгасты вторглись на планету Векта, армия организации ISA не только оттеснила неприятеля, но и пошла дальше, высадившись на Хелгане — родной планете бывшего захватчика. Игроку отводится роль закалённого в боях ветерана по имени Томас «Сев» Севченко, назначенного в отряд специального назначения «Альфа». Задачей команды является взятие в плен лидера хелгастов Императора Сколара Визари, что должно, по задумке ISA, остановить затянувшуюся войну.
