Действие происходит спустя год после событий оригинальной игры.
США и СССР находятся на грани войны из-за претензий на небольшой, но стратегически важный остров Киос. Кейт Арчер проникает в СССР, чтобы узнать стратегические планы советского руководства относительно острова, но она лишь находит очередной план С.Т.Р.А.Х.а, который собирается использовать собственное секретное оружие — сверхсолдат, чтобы столкнуть в ядерном конфликте обе сверхдержавы, а после их уничтожения окончательно завоевать власть над миром.
