На Ближнем Востоке террористическая группировка «Аль-Самад» сбила пассажирский авиалайнер. Атака произведена с использованием новейшей ракеты американского производства. Расследование дела поручено специальному агенту Майклу Тортону. Ему удаётся выйти на след лидера «Аль-Самад», однако затем его внезапно отстраняют от заданий и предают старшие коллеги. Теперь, когда на него с подачи правительства Соединенных Штатов объявлена охота, Майкл использует Alpha Protocol — секретную программу, завербовавшую его, и начинает тайно работать для обнаружения заговора.
