Игра начинается там, где кончается Civilization II. Человечество на Земле уничтожило себя войной, болезнями, голодом, и другими катастрофами. Перед самым концом, ООН запускает корабль Единство в систему Альфа Центавра, где была обнаружена планета земного типа под названием Хирон (или просто Планета); они надеются, что самая лучшая часть человечества сможет создать там совершенную цивилизацию.
При подходе Единства к планете происходит нештатная ситуация, пробуждая главных офицеров из анабиоза. Во время попыток экипажа устранить неполадки, капитана Гарланда убивают. Корабль критически поврежден, пять офицеров и два «зайца» захватывают каждый по автономному модулю корабля и садятся на Хирон. Каждый из семерых имеет свои представления насчёт совершенного общества, что и приводит к очередному делению людей на фракции и, в дальнейшем, к войне.
