Сюжет игры рассказывает об охотнице за головами Самус Аран, перенесшей тяжелейшее заражение опасными вирусными организмами — X-Паразитами. Самус получила от Галактической Федерации задание — отправиться на исследовательскую станцию Biologic Space Laboratories, чтобы расследовать причины случившегося там недавно взрыва.
