Действие игры происходит через год после событий Kingdom Hearts: Chain of Memories. По сюжету мальчик по имени Сора продолжает искать своих пропавших друзей.
Как и в предыдущих играх серии, в Kingdom Hearts II появляются как персонажи серии игр Final Fantasy, так и диснеевские персонажи. Организация XIII из Chain of Memories также появляется в игре и играет огромную роль в сюжете.
