Действие игры стартует спустя 17 лет после окончания первой части, в которой Гарри Мэйсон, после уничтожения «Бога» культа The Order, забирает с собой маленькую девочку. Главной героиней игры является молодая девушка по имени Хизер, сталкивающаяся с погружением в мир собственных страхов как в неназванном городе, так и в таинственном Сайлент Хилле, куда Хизер отправляется в поисках разгадки происходящих с ней событий. Она обнаруживает, что культ планирует использовать её для рождения «Бога», и становится участницей нарастающего конфликта внутри оккультной организации.
