Сюжет игры начинается в Коконе, в завязке происходит так называемая «чистка», когда правительство Санктум высылает вниз всех людей, так или иначе связанных с Пульсом.
Бывшая военнослужащая Молния вместе с опытным чернокожим пилотом Сажем пытается сорвать отправку, так как среди изгоняемых — её родная сестра Сера. Одновременно с этим лидер повстанцев Сноу, заручившись поддержкой единомышленников, ведёт бой против правительственных войск, чтобы спасти ни в чём неповинных людей от изгнания, особенно Серу, которую любит и хочет взять в жёны.
