Главный герой игры живёт в маленьком городке в регионе Канто под названием Паллет. В самом начале игры, когда он пытается выйти из города через заросли высокой травы, его останавливает профессор Оук. Оук объясняет герою, что в высокой траве может быть очень опасно, так как там часто живут дикие покемоны. Он приглашает героя к себе в лабораторию, где их ждёт внук профессора — соперник главного героя, который тоже мечтает стать тренером покемонов.
Профессор Оук даёт им по покемону. Внук профессора вызывает главного героя на поединок покемонов, и с тех пор они будут сражаться друг с другом на определённых моментах игры.
