Победив злобных мутантов в пятой игре, капитан Роджер Вилко торжественно возвращается в штаб СтарКона… где его тут же отдают под трибунал за нарушение устава во время спасения галактики. Из-за его заслуг, его всё-таки не выбрасывают в космос, а понижают до уборщика второго класса и назначают на корабль SCS Глубокий корабль 86.
