Сюжет Guilty Gear X продолжает линию событий, описанную в Guilty Gear. Главными героями по-прежнему являются магически трансформированные живые существа — Механизмы, способные действовать, только получая приказы от Механизма командного типа, которым являлась Джастис. Механизмы обратились против человечества, развязав столетнюю войну, но, согласно сюжету Guilty Gear, после уничтожения Джастис потерпели поражение, так как не могли действовать самостоятельно.
События в GGX разворачиваются примерно через год после гибели Джастис. Возникают слухи о появлении ещё одного Механизма командного типа. Опасаясь начала второй жестокой войны, ООН снова объявила о проведении турнира, пообещав награду в 500 000 мировых долларов тому, кто уничтожит нового врага.
