Действие «Темных вод» начнется через несколько лет после событий, описанных в первой части игры. После спасения островка Фаранги и победы над Огненным Титаном, в мире мало что изменилось: остальная земля все так же раздирается другими Титанами, да к тому же ещё и появилось множество других монстров, которые, в частности, нападают на корабли, вышедшие в море; связь между островами потеряна. Безымянный, видя, что его заслуг мало и надо бороться с ещё большими силами противника, не находит ничего лучше как начать пить.
Безымянный встречает Пэтти, дочь капитана Грегориуса Стальная Борода из первой части, которая, как оказывается, выжила в ходе последнего кораблекрушения. Именно Пэтти и рассказывает ГГ о том, что пиратам известен способ безопасно плавать по морям, не подвергаясь нападениям морских чудовищ. Заручившись поддержкой Карлоса, Безымянный вместе с Пэтти отправляются на поиски её отца, который должен помочь им остановить окончательное разрушение мира.
