События Crystal Chronicles разворачиваются в фэнтезийном безымянном мире, наполненном вредоносным газом «миазмом», пагубное действие которого приводит к верной и неминуемой смерти. Города, деревни и другие поселения защищены от ядовитого газа кристаллами — они создают магический барьер, преграждающий распространение миазма. Однако действие барьера длится не вечно, а лишь один год — по истечении этого срока жители каждого селения должны снарядить отряд путешественников, которые отправятся на поиски «мирры», жидкой субстанции, способной напитать кристаллы новой волшебной силой.
Игрок управляет одним из таких отрядов, выдвигающимся из деревни Типа, для персонажей это первый в жизни подобный поход — впереди их ожидают многие опасности и испытания.
