Игра охватывает семь лет, непосредственно предшествующих событиям Final Fantasy VII; главным героем выступает эпизодический, но довольно важный по косвенному влиянию на сюжет персонаж — солдат второго класса Зак Фэйр.
В течение своей карьеры он выполняет различные миссии и встречает многих персонажей оригинальной игры, в том числе Клауда Страйфа, Айрис Гейнсборо и Сефирота. Сюжет начинается с событий войны в Вутае и, излагая по-новому происшествие в Нибельхейме, подходит к самому началу Final Fantasy VII.
