Assassin’s Creed 3 посвящена временам войны за независимость в Северной Америке. Главный герой игры Коннор сначала предстает перед нами наивным мальчишкой, а позже в процессе становления вырастает в смелого и хладнокровного воина. Ему предстоит борьба с тиранией и несправедливостью колонистов.
В настоящем времени Дезмонд, его отец Уильям, Ребекка Крэйн и Шон Гастингс находят величественный Храм в пещере неподалёку от Нью-Йорка. С помощью «Яблока» Дезмонд активизирует большую часть оборудования, а также таймер, указывающий на важное событие 21 декабря 2012 года.
