Игра раскрывает миф о Саб-Зиро, убийце из клана Лин Куэй, которого нанимает колдун Куан Чи, чтобы украсть карту элементов из храма Шаолинь.
Сражаясь с монахами Шаолиня по ходу прохождения, Саб-Зиро сталкивается со своим соперником — Скорпионом из клана Ширай Рю, которого также нанял Куан Чи, чтобы наверняка достичь цели, если Саб-Зиро провалит задание.
