Линк живет и взрослеет в Скайлофте — городе, который располагается на парящем над облаками — как совершенно обычный его житель, но однажды ему попадается особый меч и благодаря духу Фай, обитающей в этом мече, он узнаёт о другом, прежде неизвестном и расположенном где-то под облаками мире, которым правит зло. Путешествуя между мирами, Линк постепенно приближается к раскрытию главной тайны — как и по какой причине два мира оказались разделены.
