В давно прошедшей битве землян с марсианами сверхразум пришельцев был побежден. Но в момент своей гибели сверхразум выпустил мощный сигнальный луч, который вскоре достиг Земли и был поглощен океанской пучиной. И вот через 40 лет из глубин океана на сушу явилась новая угроза, для борьбы с которой в спешном порядке была возрождена организация X-Com. Практически все битвы теперь происходят под водой.
