Сюжет разворачивается спустя десятилетия после событий первой игры первой в закрытом городе Токио Миллениум, которым правят религиозные фанатики, которых называют «Центром». Игрок принимает гладиатора, которому сообщают, что он Мессия, и отправляют его на охоту за демонами по всему городу, чтобы приблизить так называемое Тысячелетнее Королевство.
