Пытаясь заделать дыру в стене замковой библиотеки, Марио случайно сбивает с полки таинственную книгу, которая содержала Бумажный мир, из-за чего бумажные жители разлетелись по всему Грибному королевству. Боузер тут же объединил силы со своим бумажным двойником и вместе они похитили Принцесс Пич из обоих миров. Марио и Луиджи вместе со своими бумажными версиями собираются остановить злодеев и вернуть бумажный мир к первоначальному состоянию.
