Действие игры происходит в 2010 году. Несмотря на трагедию, произошедшую на острове из первой части, эксперименты с «Третьей Энергией» продолжаются в городе Эдвард-Сити. Но, как и в прошлый раз, всё идёт не так, и крупную территорию захватывают динозавры.
На помощь выжившим отправляют группу спецназа T.R.A.T., в которую входит также Регина.
